W 1938 r. był autorem i kierownikiem budowy fortyfikacji obronnych na granicy z Włochami wzorowanych na rozwiązaniach francuskich (Linia Maginota) i czeskich (umocnienia w Sudetach) zwanych Linią Rupnika. W czasie agresji państw Osi na Jugosławię w kwietniu 1941 r. sprawował funkcję szefa sztabu I Grupy Armijnej w Zagrzebiu. Po kapitulacji wojsk jugosłowiańskich i utworzeniu Niezależnego Państwa Chorwackiego powrócił do południowej Słowenii, gdzie przystał na kolaborację z Włochami, przyjmując 7 czerwca 1942 r. funkcję przewodniczącego rady miejskiej i jednocześnie burmistrza Lublany. Po kapitulacji Włoch we wrześniu 1943 r. stanął pod koniec tego miesiąca na czele administracji prowincji Lublana pod okupacją niemiecką. Zajmował stanowisko zdecydowanie prohitlerowskie, a także antykomunistyczne i antysemickie. Równocześnie był współtwórcą kolaboracyjnej formacji zbrojnej złożonej ze Słoweńców pod nazwą Słoweńska Domobrana. Mianował się jej komendantem, ale już 4 listopada został zdymisjonowany przez Niemców. Od listopada 1944 r. był formalnie generalnym inspektorem Domobrany, choć bez faktycznych kompetencji. Na pocz. 1945 r. został jej komendantem. 5 maja tego roku wraz z niewielką grupą podwładnych przedostał się do Austrii. 23 lipca został aresztowany przez Brytyjczyków, zaś w styczniu 1946 r.