Z XV wieku pochodzą pierwsze wzmianki o istnieniu źródła leczniczego „Zimny Zdrój”. W okresie wojen religijnych zamek został zajęty i utrzymany przez husytów. Opuszczony w 1560 r. popadł w ruinę. Do dziś pozostały po nim resztki murów i fragment wieży. W połowie XIV wieku w Dusznikach rozwinęło się hutnictwo żelaza, złoża rud wyczerpały się jednak dość szybko. Pod koniec XVI wieku gwałtownie rozwijał się dusznicki handel oraz przemysł: tkacki i papierniczy, wzniesiono murowany kościół pod wezwaniem św. Piotra i Pawła. W 1584 r. został wzniesiony ratusz, a w 1562 r. (lub wcześniej) wybudowano budynek działającego do dzisiaj młyna papierniczego.

Wojna trzydziestoletnia wstrzymała rozwój miasta. Jego odrodzenie nastąpiło w drugiej połowie XVII wieku, kiedy miasto stało się ważnym ośrodkiem tkactwa, produkcji papieru i handlu suknem, a także uzdrowiskiem. 17 sierpnia 1669 r., po abdykacji w drodze do Francji, w Dusznikach zatrzymał się były król Polski Jan Kazimierz.

Po wojnach śląskich Bad Reinerz, jak i większość Śląska wszedł w terytorium Królestwa Prus.