W kolejnej fazie jednak łatwo przegrało ze Slovanem Bratysława (0:3 u siebie i 1:2 na wyjeździe), kończąc swoją przygodę z rozgrywkami.
W sezonie 2005/06 zespół po raz pierwszy w swojej historii sięgnął po dublet, zdobywając mistrzostwo i puchar Luksemburga.
W sezonie 2006/07 drużyna powtórzyła osiągnięcia z poprzedniego sezonu, także zdobywając dublet, a współtwórcą sukcesu był Polak Tomasz Gruszczyński – strzelec bramki w finałowym meczu Pucharu Luksemburga.
W sezonie 2011/12 ponownie udało im się przebrnąć pierwszą rundę kwalifikacji do Ligi Mistrzów. Tym razem pokonali 4:0 w dwumeczu FC Santa Coloma. W drugiej rundzie zbyt silny okazał się jednak słoweński NK Maribor. Luksemburczycy przegrali oba mecze (0:2 w Mariborze i 1:3 u siebie). Na „krajowym podwórku” F91 ponownie zdobyli oni dublet.
Do najdalszej rundy eliminacji w Lidze Mistrzów dotarli w sezonie 2012/2013. W pierwszej rundzie eliminacji pokonali w dwumeczu SP Tre Penne 11:0, by w drugiej rundzie sprawić wielką sensację i wyeliminować austriacki Red Bull Salzburg (1:0 w pierwszym meczu u siebie oraz 3:4 na wyjeździe). Ich rywalem w trzeciej rundzie eliminacji był NK Maribor. W pierwszym meczu na wyjeździe przegrali 1:4, a następnie grając u siebie, przegrali 0:1.