6 sierpnia 1903 odbyła się w Watykanie kapituła mariawitów, na której liderem zgromadzenia został Jan Maria Michał Kowalski. 13 sierpnia 1903 papież Pius X przyjął na audiencji kapłanów mariawitów. Złożono wówczas prośbę o legalizację Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów, dołączając opis objawienia Dzieła Wielkiego Miłosierdzia i krótką historię zgromadzenia. Po analizie dokumentów Watykańska Kongregacja Inkwizycji 31 sierpnia 1904 nakazała skasowanie zgromadzenia mariawickiego. 5 kwietnia 1906 Pius X wydał encyklikę Tribus circiter, która rozwiała wszelkie nadzieje kapłanów mariawitów na zmianę stanowiska Watykanu w sprawie Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów.
Wykluczenie z Kościoła rzymskokatolickiego spowodowało konieczność utworzenia przez duchowieństwo i wiernych nowej organizacji kościelnej. 10 października 1907 odbyła się pierwsza Kapituła Generalna Kapłanów Mariawitów, w wyniku której powstał Kościół Starokatolicki Mariawitów. Do dziś wszyscy jego kapłani należą jednocześnie do zgromadzenia.