Przyszły hetman uczył się prawdopodobnie w kolegium jezuickim w Wilnie, później w Akademii Kijowsko-Mohylańskiej, którą ukończył prawdopodobnie w 1694 roku. Zdobył solidne wykształcenie, wykazywał szczególne uzdolnienia w dziedzinie teologii, filozofii, historii, poezji, retoryki i logiki, dobrze władał językiem polskim, łaciną i cerkiewnosłowiańskim oraz innymi językamiВасиль Ульяновський, Пилип Орлик w: Володарі гетьманської булави: Історичні портрети, Київ 1994, s. 419—488..
Istotną rolę w życiu Filipa Orlika odegrał jego nauczyciel, profesor retoryki i filozofii, myśliciel Stefan Jaworski, który później został metropolitą riazańskim. To on wspierał swojego ucznia w karierze w kancelariach kościelnych. Istnieje hipoteza, że Orlik „zamierzał się ostrzyc”, to jest zostać postrzyżonym na mnichaО. Прокоп’юк, М. Яременко, На початку кар’єри: катедральний писар Пилип Орлик, w: Пилип Орлик: життя, політика, тексти. Матеріали Міжнародної наукової конференції „Ad fontes” до 300-річчя Бендерської конституції 1710 р. Київ, НAУКМА, 14–16 жовтня 2010 року, red. Н. Яковенко, Київ 2011, s. 55–59.. Jednak ostatecznie wybrał on karierę w administracji kozackiej. 23 listopada 1698 r. poślubił Hanną Hercyk, córkę pułkownika połtawskiego Pawła Hercyka.