Sezonowość Równina kształtowana jest przez dwie pory – suchą i deszczową. Pora deszczowa trwa latem, czyli tutaj od października do marca. Roczne opady wynoszą od 1000 do 1400 mm. Ze względu na małe nachylenie (2 cm/km) woda gromadzi się i zalewa całą nizinę, pozostawiając jedynie małe fragmenty – położone wyżej wyspy, gdzie skupia się zwierzyna. W porze suchej – od kwietnia do września – teren wysycha, tworząc sawannę.
Flora Na równinie występuje kilka ekosystemów: na południu tropikalne lasy suche, zielone jedynie w porze deszczowej, na wschodzie otwarte sawanny Cerrado (tzw. Wysoki Pantanal), na północy tropikalne lasy wilgotne, bliżej Boliwii znajdują się także jeziora, a nawet słonawe laguny.
W najniższych partiach Pantanal pokrywają tysiące stałych i półstałych jezior, starorzeczy i stawów o średnicy od kilku metrów do kilkudziesięciu kilometrów. Są one często pokryte roślinnością reprezentującą najbardziej zróżnicowane zbiorowiska roślin wodnych na świecie. Powszechnie występującymi tu gatunkami pleustofitów są eichhornia gruboogonkowa, Salvinia auriculata i pistia rozetkowa. Gatunki helofityczne, rosnące w pobliżu brzegów jezior i w płytszych wodach to Cyperus giganteus, Scirpus validus i Typha dominguensis.