Na stanowcze żądanie sułtana Murada III Stefan Batory skazał Kozaka na śmierć. Watażkę przewieziono do Lwowa, gdzie aż do wykonania wyroku przebywał w specjalnie dla niego wynajętym pokoju w kamienicy Matwija Korinnika. 16 czerwca 1578 Jan Podkowa został ścięty. Wcześniej wygłosił krótkie przemówienie do zgromadzonych na rynku lwowian, w którym zarzucał królowi, że wysługuje się poganinowi, "chanowi-bisurmanowi". Wyraził też wolę, aby kat nie dotykał jego ciała po śmierci. Jeden z obecnych na egzekucji Kozaków podał skazańcowi kielich z winem. Ten, wypijając z niego wielki łyk rzekł, że pije za zdrowie towarzyszy, po czym ukląkł na przyniesionym sobie dywaniku. Zmówił modlitwę i czekał na cios kata. Gdy ten nie padał, Podkowa spytał, w czym rzecz. Kat odrzekł, że należy opuścić kołnierz, aby nie przeszkadzał przy ścinaniu głowy. Kozak poprawił swój kołnierz i nakazał katu czynić swą powinność.
Podkowę pochowano w Kaniowie, w uprzednio przez niego przygotowanej trumnie. Później obok niego spoczęli Jakub Szach, Samuel Kiszka i Taras Szewczenko.