Polityka rządu doprowadziła do krwawej strzelaniny z 3 grudnia 1969 roku w której to zginęło dwóch członków Panter (Fred Hampton i Mark Clark), a pozostali ze znajdujących się w budynku działaczy zostali ranni. Badania balistyczne wykazały, że w stronę członków Panter policja wystrzeliła 98 pocisków, Pantery w stronę policji z kolei tylko jeden. Po latach, w 1982 roku, sąd przyznał, że strzelanina była rezultatem działań FBI i wypłaciła rannym w strzelaninie panterom odszkodowania w wysokości 1,85 miliona dolarów. Istnieją dowody wykazujące, że FBI jest odpowiedzialne za incydenty, które doprowadziły także do innych przypadków śmierci członków partii - w Chicago FBI wysyłało anonimową korespondencję do tamtejszego gangu o nazwie Blackstone Rangers, w której informowano jego członków o rzekomych próbach zgładzenia szefów gangu przez Czarne Pantery. Podobne działania podejmowano jeszcze w południowej Kalifornii, co w końcu doprowadziło do prawdziwej wojny pomiędzy Panterami a lokalnymi organizacjami przestępczymi. W styczniu 1969 roku w Los Angeles, kapitan Panter Bunchy Carter i jego zastępca zostali zabici w campusie Uniwersytetu Kalifornia. Był to rezultat strzelaniny, jaka wywiązała się pomiędzy nimi a rywalizującej z Panterami grupy czarnych nacjonalistów o nazwie United Slaves.