Zmiany terytorialne nie odzwierciedlały historycznych granic Mołdawii, co spowodowało późniejsze konflikty trwające do dziś w tzw. Naddniestrzu.

W okresie pieriestrojki w Mołdawii powstał silny ruch narodowy, któremu przewodził Front Ludowy Mołdawii i który domagał się ustanowienia języka mołdawskiego (rumuńskiego) jedynym językiem urzędowym w Mołdawskiej SRR, a także głosił szowinistyczne hasła wymierzone w Rosjan, Gagauzów i Żydów. Po wprowadzeniu postulatów Frontu w sprawie języka w życie, zaczął on domagać się zjednoczenia Mołdawii z Rumunią, co jednak okazało się żądaniem niepopularnym w społeczeństwie MołdawiiJ. Solak, Mołdawia: republika na trzy pęknięta. Historyczno-społeczny, militarny i geopolityczny wymiar „zamrożonego konfliktu” o Naddniestrze, Wydawnictwo Adam Marszałek, Toruń 2014, , s. 150, 119–121.P. Oleksy, Mołdawski nacjonalizm vs. naddniestrzańska państwowotwórczość – przesłanki społecznej mobilizacji w konflikcie naddniestrzańskim, „Sensus Historiae”, vol. XI, s. 165–168.. W niepodległej Mołdawii zdeklarowani Rumuni są mniejszością narodową (2% 2004), podczas gdy obywatele deklarujący się jako Mołdawianie stanowią 75,8% populacji kraju.

Terytorium etniczne thumb|left|250px|Izba w mołdawskim wiejskim domu thumb|left|250px|Mapa etniczna Republiki Mołdawii.