W grudniu 1907 roku zlikwidowana została przez Skałona Polska Macierz Szkolna. Natomiast w 1908 roku, na wniosek Skałona, ministerstwo spraw wewnętrznych zamknęło Uniwersytet dla Wszystkich. W 1910 roku ujawniono, że Skałon zamieszany był w aferę korupcyjną. Przewodniczył on budowie Mostu Mikołajewskiego. Śledztwo przeprowadzone w 1910 roku wykazało, że Towarzystwo Akcyjne „K. Rudzki i S-ka”, biorące udział w przetargu na projekt i realizację mostu, przekazało Skałonowi sto tysięcy rubli łapówki. Dzięki koneksjom na petersburskim dworze generał-gubernator nie poniósł z tego powodu żadnych konsekwencji. W 1908 roku Skałon pisał do Piotra Stołypina, że gubernia warszawska pod względem obszaru, liczebności obywateli, liczby twierdz i wojsk, liczby fabryk i zakładów w sensie trudności zarządzania zajmuje czołowe miejsce i ustępuje może jedynie guberni piotrkowskiej. Postulował, by na terenie Kraju Nadwiślańskiego funkcje gubernatorskie powierzane były osobom o zdecydowanym charakterze i wysokich kwalifikacjach. Samodzielna polityka Skałona doprowadziła do konfliktu z Piotrem Stołypinem, który dążył do usunięcia generała-gubernatora z Warszawy. W 1910 roku Stołypin zlecił przeprowadzenie kontroli w Kraju Nadwiślańskim (tzw. rewizję senatorską), którą kierował jego szwagier Dmitrij Neidhart.