2 sierpnia 1897 roku mianowany dowódcą 1 Dywizji Kawalerii Gwardii Imperium Rosyjskiego. 6 grudnia 1900 roku otrzymał awans na generała-lejtnanta i przyznane mu zostało dowództwo 4 Dywizji Kawalerii Imperium Rosyjskiego. 1 kwietnia 1901 roku został dowódcą 2 Dywizji Kawalerii Gwardii Imperium Rosyjskiego. Natomiast w roku 1903 został generał-adiutantem świty cesarza Mikołaja II.
Generał-gubernator warszawski 15 maja 1905 roku Gieorgija Skałona mianowano zastępcą dowódcy Warszawskiego Okręgu Wojskowego, a 15 sierpnia tego samego roku jego głównodowodzącym i generał-gubernatorem warszawskim. Wkrótce po objęciu urzędu zwrócił się z prośbą do cesarza Mikołaja II i premiera Siergieja Witte o wprowadzenie na terenie ziem Kraju Nadwiślańskiego stanu wojennego, co też stało się 10 listopada 1905 roku. W okresie stanu wojennego Skałonowi przyznane też zostały nadzwyczajne uprawnienia policyjno-karne, które dopuszczały karanie uczestników protestów o charakterze antyrządowym bez wyroków sądów. Kary te były różnorodne, włączając zsyłkę aż po karę śmierci, którą w ten sposób kilkakrotnie zastosowano. Skałon był pierwszym wysokim urzędnikiem w Imperium Rosyjskim, który na podstawie paragrafu dwunastego o stanach nadzwyczajnych, zdecydował się karać śmiercią bez wyroku sądu.