Od lipca 1943 został szefem STARTU – III (zaopatrzenie oddziałów AK w Okręgu „Nów” i 19 Dywizji AK w Nowogródzkiem). 3 września 1943 awansował do stopnia majora. W okresie Akcji „Burza” był szefem sztabu 30 Poleskiej Dywizji Piechoty AK. Internowany przez Armię Czerwoną 18 sierpnia 1944 został wywieziony do Riazania. W lutym 1946 powrócił do Polski.
W 1951 aresztowany przez Urząd Bezpieczeństwa, więziony m.in. przez trzy lata śledztwa w areszcie przy ul. Rakowieckiej w Warszawie.
Życie prywatne 18 sierpnia 1931 poślubił Alinę z d. Kaszuba (1908-2006), mieli trzy córki: Teresę, Małgorzatę i Monikę oraz syna Tomasza, który zmarł zaraz po urodzeniu.
Wspomnienia Tuż po jego śmierci ukazała się książka Wojciecha Wiśniewskiego Ostatni z rodu. Rozmowy z Tomaszem Zanem ; Nagroda im. Stanisława Konarskiego za najlepszą książkę 1989 roku, przyznana przez Stowarzyszenie Dziennikarzy Polskich), wznowiona i uzupełniona w 2015 pt. Zan. Ostatni z rodu. Dwa lata później ukazała się część druga w formie wywiadu-rzeki z jego siostrą, Heleną z Zanów Stankiewiczową, której wydanie drugie ukazało się w 2003, a trzecie - w 2026 .