Mistyczne przeżycia i działalność Po trzech latach próby została przyjęta do Trzeciego Zakonu Franciszkańskiego. Żyła odtąd w ścisłym ubóstwie. Utrzymywała się z jałmużny. Opiekowała się chorymi, ubogimi bezdomnymi. Doświadczała wizji i ekstaz. Odznaczała się nabożeństwem do Eucharystii i Męki Jezusa. Została obdarzona stygmatami.
Założyła szpital w Kortonie i powołała zgromadzenie kobiet zwanych Poverelle, które zajmowały się opieką nad chorymi.
Ostatni okres życia spędziła jako rekluza. Zmarła 22 lutego 1297 w Kortonie, gdzie została pochowana.
Po dziś dzień jej nieulegające rozkładowi ciało eksponowane jest w kryształowym relikwiarzu w jej sanktuarium. Fakt, że ciało nie ulega rozkładowi długo poczytywano za cud (patrz: niezniszczalność ciał świętych). Jednak według nowych informacji, dostarczonych dzięki zbadaniu zwłok przez patologa Ezio Fulcheri na życzenie Watykańskiego Muzeum Egipskiego, okazało się, że zostało ono wcześniej zabalsamowane.
Kult Małgorzata została beatyfikowana w 1515 roku przez papieża Leona X, a kanonizowana 16 maja 1728 przez Benedykta XIII.
Patronat Jest patronką fałszywie oskarżonych, bezdomnych, wagabundów, szalonych, umysłowo chorych, nawróconych prostytutek.
Dzień obchodów Wspomnienie liturgiczne w Kościele katolickim obchodzone jest 22 lutego.