Udał się do Hamburga, skąd popłynął do Anglii, gdzie przebywał zarówno u Karola Marksa, jak i Fryderyka Engelsa a ostatecznie osiadł w Nowym Jorku. Wkrótce stał się rzecznikiem ruchu na rzecz poprawy opieki zdrowotnej i dobrostanu dzieci w Stanach Zjednoczonych.

Od roku 1857 Jacobi zaczął wykładać pediatrię w Nowym Jorku, stając się pionierem pediatrii klinicznej i naukowej w Stanach Zjednoczonych. W 1860 roku został mianowany na pierwszą specjalizowaną katedrę chorób dziecięcych w . W 1865 roku Jacobi objął katedrę kliniczną na wydziale medycznym. Od 1867 do 1870 roku był przewodniczącym wydziału medycznego City University of New York. Wykładał na Uniwersytecie Columbia przez ponad 30 lat, od 1870 do 1902. Później przeniósł się do szpitala Mount Sinai, gdzie założył pierwszy oddział pediatryczny w szpitalu ogólnym.

W 1862 roku Jacobi założył klinikę pediatryczną w New York Medical College Building przy East 13th Street, która funkcjonowała przez dwa lata. Był to ważny krok w rozwoju nauczania przyłóżkowego pediatrii, wyprzedzający nauczanie przyłóżkowe w dziedzinie chorób wewnętrznych w USA. Jacobi był także współzałożycielem Stowarzyszenia Lekarzy dla Ubogich.