Arcyksiężniczka szczerze kochała swojego ojca, cesarza Franciszka Józefa I, którego z charakteru bardzo przypominała. Podzielała poglądy ojca i uwielbiała przebywać w jego towarzystwie. Natomiast jej relacje z matką nie układały się najlepiej. Cesarzowa, pozbawiona wpływu na wychowywanie dzieci, miała do Gizeli dystans. Od momentu śmierci najstarszej córki pary cesarskiej, Zofii, kobieta zaniedbywała młodsze dzieci, skupiając się głównie na własnej urodzie, zaś po urodzeniu najmłodszej córki, Marii Walerii, całkowicie się od nich odsunęła. Sama Gizela również nigdy nie czuła się szczególnie związana ze swoją matką. Cesarzowa określała swoją córkę jako rackerdürre Sau. Racker to staroniemieckie słowo oznaczające końskiego rzeźnika. Słowo dürr oznacza chudy lub wątły, zaś Sau - maciorę.
Małżeństwo i rodzina W 1873 poślubiła Leopolda, księcia Bawarii, syna Luitpolda Wittelsbacha, księcia-regenta i Augusty Ferdynandy Habsburg, księżniczki toskańskiej.