Szczególnym kultem otoczone były relikwie dwóch rzymskich męczenników, Pryma i Felicjana, a także przywieziony z Rzymu wizerunek Najświętszej Maryi Panny znany jako Matka Boża Łaskawa Patronka Warszawy w kościele o.o. jezuitów przy ul. Świętojańskiej.
W 1834 rosyjski gubernator Iwan Paskiewicz przekazał kościół Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Pijarom wypłacono wysokie odszkodowanie w wysokości ponad 53,3 tys. rubli oraz przekazano opuszczony kościół jezuitów przy ul. Świętojańskiej. W latach 1835–1837 miała miejsce przebudowa i adaptacja kościoła do liturgii prawosławnej według projektu Antonia Corazziego i Andrzeja Gołońskiego. Między innymi usunięto z wnętrza barokowy wystrój, a na wieżach, zakończonych kokosznikami, zawieszono dzwony odlane z armat zdobytych w powstaniu listopadowym. Pijarska świątynia została zaadaptowana na sobór Trójcy Świętej, katedrę eparchii warszawskiej i nowogieorgijewskiejP. Paszkiewicz: Pod berłem Romanowów. Sztuka rosyjska w Warszawie 1815-1915. Warszawa: Instytut Sztuki PAN, 1991, s. 59..
Społeczeństwo warszawskie w geście buntu przeciw represjom wobec pijarów ułożyło wierszyk:
Poczekajcie no kopułki, Przyjdą jeszcze z Francji pułki, My nie chcemy obcej wiary, Wróci nasza i pijary.