Już od najmłodszych lat była silne związana emocjonalnie ze swoją rodziną. Czule kochała rodziców i utrzymywała z nimi bliski kontakt po ślubie, szczególnie z matką. Księżniczka uwielbiała swoje siostry, w szczególności Marię Annę. Śmierć najmłodszej z nich, Maksymiliany, bardzo zasmuciła Zofię. mały|lewo|286x286px|Zofia z siostrami, Marią i Ludwiką Zofia i jej siostry otrzymały staranne wykształcenie. Od czwartego roku życia pobierały lekcje fizyki, historii, pisania oraz czytania. Księżniczki uczono również kilku języków: francuskiego, w którym rozmawiano na bawarskim dworze, niemieckiego, włoskiego, a także angielskiego. Część edukacji stanowiły również robótki ręczne, wieczory teatralne i baletowe, zajęcia muzyki oraz rysunku. Zofia, podobnie jak matka, lubiła malować. Wychowywana była w wierze katolickiej, ale także w tolerancji dla protestantyzmu. Przez całe życie uważana była za bardzo pobożną osobę.