Poucza on Tymoteusza, w jaki sposób ma walczyć z szerzącymi herezję („Unikaj czczej gadaniny”, „Wystrzegaj się głupich i niedorzecznych dociekań – wiesz przecież, że rodzą się z nich spory”) oraz jakie przymioty przystają słudze Bożemu („zabiegaj o sprawiedliwość, wiarę, miłość i pokój”), zachęca go aby gorliwie się o nie starał. Księga zawiera informacje autobiograficzne. Dowiadujemy się o stanie duchowym Pawła, o osobach, które go opuściły i tych, którzy byli mu pomocni, jak Onezyfor czy jedyny pozostały przy nim Łukasz. Paweł wspominając cierpienia i prześladowania jakie go spotykały podczas głoszenia wyznaje, że wszystkie znosił dla nauczania ewangelii o Jezusie Chrystusie, który powstał z martwych. Jednocześnie jest przekonany o tym, że Pan jest z nim. Wiedząc o swej rychłej śmierci zachęca wszystkich do trwania w wierze i powołaniu.
Tymoteuszowi zostawia obowiązek przekazania swojej nauki dalej, ludziom „godnym zaufania”, którzy będą potrafili nauczać innych.