W kilka dni później sąd skazał Browna na śmierć przez powieszenie bez prawa do ułaskawienia. W czasie rozprawy Brown oświadczył, że wykonywał tylko wskazania Biblii. Odrzucił wniosek swego adwokata o traktowanie go jako niepoczytalnego. Jego spokojne i niezłomne zachowanie się przed sądem oraz w czasie egzekucji wywołało wielkie wrażenie. W wielu miejscowościach bito w dzwony i odbyły się zebrania oraz nabożeństwa ku jego czciLeon Korusiewicz, Przyczyny wojny secesyjnej, Warszawa 1967 s. 256, Wojna secesyjna 1860 – 1865, Warszawa 1985 s.75n..
Egzekucja Johna Browna zaogniła konflikt północnych i południowych stanów USA w sprawie niewolnictwa, który stał się jedną z przyczyn wojny secesyjnej.
Za bohatera uznało go wielu pisarzy, w tym Victor HugoVictor Hugo’s letter to the London News regarding John Brown.. Cyprian Kamil Norwid poruszony wieścią o skazaniu Johna Browna na śmierć napisał wiersz Do obywatela Johna Brown, w którym krytykuje rozbieżność między wolnościowymi ideami, jakie towarzyszyły powstawaniu Stanów Zjednoczonych, a faktem istnienia w tym państwie