Królowa Anglii W 1685, Jakub wstąpił na tron. Pojawiło się pytanie, czy Maria jest w stanie urodzić następcę tronu. Kiedy urodziła syna Jakuba w 1688, od razu powstało wiele plotek na jego temat; on również miał urodzić się martwy i zostać podmieniony. Jakub zwołał nadzwyczajne posiedzenie swojej rady, która orzekła, że mały książę Walii, jest synem jego i Marii. Kilka miesięcy później wybuchła rewolucja Wigów – Chwalebna rewolucja. 10 grudnia 1688 Maria i jej synek uciekli do Francji. Najstarsza córka Jakuba – Maria i jej mąż Wilhelm III Orański zostali przez Wigów wyniesieni na tron.
Lata wygnania we Francji thumb|Zamek Marii z Modeny we Francji Na wygnaniu jako goście i domownicy Ludwika XIV, Maria z synem zamieszkali w zamku Saint-Germain-en-Laye. Jakub z opóźnieniem dołączył do swojej rodziny we Francji. Maria była ulubienicą Ludwika XIV i jego drugiej żony markizy de Maintenon. 28 czerwca 1692 urodziła jeszcze jedno dziecko – córkę Ludwikę. Zmarła ona w 1712, w wieku niespełna 20 lat, na ospę (w tym samym czasie zmarło kolejno 3 członków rodziny Ludwika XIV).