Ze względu jednak na skutki uboczne oraz ryzyko uzależnienia, alprazolam nie jest jednak stosowany jako lek pierwszego rzutu, a dopiero wówczas, gdy nasilenie objawów jest uciążliwe dla pacjenta bądź uniemożliwia mu prawidłowe funkcjonowanie. Stosowany jest do czasu, gdy inne metody leczenia, takie jak np. leki przeciwdepresyjne z grupy SSRI czy psychoterapia zaczną działać, a konieczność jego dalszego stosowania powinna być sprawdzana regularnie przez lekarza prowadzącego. W Australii jego stosowanie w leczeniu zespołu lęku napadowego jest odradzane.
Lek jest stosowany także w innych zaburzeniach lękowych, zespole napięcia przedmiesiączkowego, bezsenności i zespole jelita drażliwego. Alprazolam może także być stosowany wspomagająco w ostrej manii czy psychozie, w katatonii, a także w innych stanach silnego pobudzenia oraz agresji, gdy pacjent nie wykazuje objawów psychotycznych.
Przeciwwskazania jaskra z wąskim kątem przesączania przyjmowanie azolowych środków przeciwgrzybiczych (np.