W tym samym okresie uzależniła się od heroiny, która była w tym czasie popularna w środowisku muzycznym Seattle. Zimą 1993/1994 zgłosiła się do kliniki odwykowej, gdzie przeszła leczenie. Po uporaniu się z nałogiem wiosną 1994, wzięła wolne od Hole, wyjechała z Seattle i ponownie zagrała trasę z Janitor Joe. Po powrocie zastała ją wiadomość o samobójczej śmierci Cobaina. Ten fakt, a także coraz bardziej pogarszające się jej stosunki z Courtney Love przyczyniły się do tego, że podjęła decyzje o powrocie do Minneapolis i Janitor Joe.
Śmierć thumb|242px|Grób Kristen Pfaff na cmentarzu Forest Lawn w Buffalo (stan Nowy Jork) 16 czerwca 1994 ok. godz. 9:30 Kristen Pfaff została znaleziona martwa w łazience swojego mieszkania w Seattle przez przyjaciela Paula Ericksona, z którym tego samego dnia miała wyjechać do Minneapolis (wszystkie rzeczy miała już spakowane). Obok ciała znaleziono torbę ze strzykawkami i heroiną. Oficjalnie podano, że zmarła w nocy w wyniku przypadkowego przedawkowania heroiny. Ostatnią osobą, która widziała ją żywą był Eric Erlandson (dzień wcześniej ok. godz.