Puchar Ekstraklasy 2006/2007 – turniej piłkarski w Polsce mający na celu wyłonienie zdobywcy Pucharu Ekstraklasy w sezonie 2006/2007. W rozgrywkach brało udział 16 drużyn występujących w bieżącym sezonie w Orange Ekstraklasie.
Pierwszy terminarz 30 spotkań ogłoszony został pod koniec maja 2006terminarz z maja 2006 w serwisie internetowym PZPN. Turniej miał rozpocząć się 9 września i być rozegrany w dwumeczach systemem pucharowym w następujących etapach: 1/8 finału, ćwierć- i półfinały oraz mecze finałowe. Do następnej rundy awansować mieli zwycięzcy poszczególnych dwumeczów. Organizator turnieju nie zdołał rozpocząć rozgrywek w podanych terminach, nie są znane także oficjalne przyczyny takiego stanu rzeczy.
Pierwsza runda turnieju rozpoczęła się 21 listopada i rozgrywana była w systemie ligowym. Następnie ćwierć- i półfinały w dwumeczach systemem pucharowym natomiast finał odbył się 10 czerwca 2007 na neutralnym stadionie.
W listopadzie 2006 Telewizja Polsat S.A. i Ekstraklasa S.A. podpisały umowę nabycia wyłącznych praw do transmisji telewizyjnych meczów Pucharu Ekstraklasy przez trzy kolejne sezony – 2006/2007, 2007/2008 i 2008/2009.