19 czerwca 2005 Sąd Naczelny UPR unieważnił uchwałę Straży o usunięciu Stanisława Wojtery z partii, co według jego zwolenników oznaczało, że pozostał on nadal prezesem. Sytuację wyjaśnił 2 lipca 2005 Konwentykl, wybierając na prezesa Jacka Boronia.
W 2004 z ramienia UPR kandydował bez powodzenia do Parlamentu Europejskiego. Był założycielem Stowarzyszenia KoLiber. W latach 1999–2000 i 2001–2002 sprawował funkcję prezesa tej organizacji. Następnie wszedł w skład sądu naczelnego, a później komisji rewizyjnej KoLibra. W wyborach samorządowych w 2002 bez powodzenia kandydował do rady miasta stołecznego Warszawy jako kandydat UPR z listy Prawa i Sprawiedliwości. Mandat radnego objął, zastępując inną kandydatkę UPR, która się go zrzekła. W 2006 uzyskał reelekcję, startując z ramienia PiS. W Radzie Warszawy zasiadał do 2010.