Stopniowo większość z nich odchodziła z partii do innych ugrupowań (RS AWS, SKL, przekształconego w partię SwW). We władzach chadecji zasiadali też m.in. Marek Gumowski (prezes zarządu), Marek Karpiński (rzecznik) i Elżbieta Hibner. Partia startowała w wyborach samorządowych w 1998.
W październiku 2000 Lech Wałęsa wystartował w wyborach prezydenckich, otrzymując 1,01% głosów (zajął 7. miejsce na 12 kandydatów), po czym zrezygnował z funkcji przewodniczącego ugrupowania, otrzymując tytuł honorowego przewodniczącego.
W 2001 ChDRP podpisała porozumienie z Forum Obywatelskim Janusza Tomaszewskiego celem wspólnego startu w wyborach parlamentarnych w tym samym roku pod nazwą Forum Obywatelskie Chrześcijańska Demokracja. Komitet ten nie zarejestrował list wyborczych do Sejmu, wystawił tylko kilku kandydatów do Senatu, z których żaden nie otrzymał mandatu. ChDRP powróciła do działalności pod swoim szyldem, zaprzestając większej aktywności. W wyborach kilkoro członków partii startowało do Sejmu z list Platformy Obywatelskiej, nieliczni znaleźli się także na listach AWSP i ARS. Żaden z nich nie uzyskał mandatu.