Aresztowani byli najpierw przetrzymywani w Lądzie, a potem zostali wywiezieni do obozu koncentracyjnego w Dachau, gdzie większość z nich poniosła śmierć męczeńską. Po wojnie seminarium rozpoczęło zajęcia 4 kwietnia 1945 r. na plebanii w Lubrańcu. Jego organizacją zajął się ks. Stefan Wyszyński późniejszy prymas Polski. W maju 1945 r. przeniesiono je do Włocławka. Do 1959 r. nauka trwała 5 lat, a w 1960 r. przedłużono ją do 6 lat. Od 2004 r. działa w ramach Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu. Rok akademicki 2011/2012 był 443. w historii włocławskiego seminarium. Decyzją biskupa włocławskiego Krzysztofa Wętkowskiego z dnia 14 października 2021 seminarium nosi imię Bł. Kardynała Stefana Wyszyńskiego
Rektorzy w XX i XXI wieku ks. Zenon Chodyński (1873–1887) ks. Stanisław Chodyński (1887–1908) ks. Idzi Radziszewski (1908–1914) ks. Władysław Krynicki (1914–1918) ks. Antoni Borowski (1918–1925) ks. Piotr Czapla (1925–1928) bł. ks. Henryk Kaczorowski (1928–1939) ks. Franciszek Korszyński (1939–1945) ks. Stefan Wyszyński (1945–1946) ks. Franciszek Korszyński (1946–1948) ks. Bolesław Kunka (1948–1952) ks. Leon Andrzejewski (1952–1965) ks. Leon Dębowski (1965–1974) ks. Franciszek Jóźwiak (1974–1983) ks. Marian Gołębiewski (1983–1992) ks. Wojciech Hanc (1992–2001) ks.