Był to bardzo trudny okres w dziejach miasta, ze względu na uwarunkowania polityczne, religijne oraz gospodarcze.
Arystokrata von Biberstein otrzymał miasto – wraz z całym księstwem głogowskim – w zastaw; został on wykupiony już po trzech latach, ale wkrótce księstwo głogowskie zastawiono księciu Fryderykowi II Legnickiemu (1480–1547). Ten zastaw nie został wykupiony, a księstwo wraz z Zieloną Górą przeszło na własność Fryderyka.
XV wiek to pojawienie się wpływów protestanckich i powstanie konfliktów na tle religijnym, które odbiły się zarówno na życiu wewnętrznym miasta (spory o kościoły i prawo do korzystania z cmentarzy itp.), jak i na zagrożeniach zewnętrznych (kontrybucje, wojny, przemarsze wojsk, plądrowanie majątków). Mimo tego w mieście rozwinęło się sukiennictwo, produkcja wina, powstała mennica i uruchomiono wodociągi. Powstała papiernia oraz różne gałęzie rzemiosła m.in. piwowarstwo, kowalstwo, ślusarstwo i rusznikarstwoSłownik geograficzno-krajoznawczy Polski, PWN, Warszawa 1998, , s. 1023–1024.. Konflikty wywoływane na tle religijnym, z których największym była wojna trzydziestoletnia (1618–1648), oraz dwa wielkie pożary w 1626 i 1683 doprowadziły do upadku gospodarczego miasta. thumb|Zielona Góra na sztychu Brühla z 1740 r.