Planował dołączyć do swojej armii później, lecz przeszkodził mu atak malarii.
Śmierć Henryk VI Hohenstauf zmarł 28 września 1197 w Mesynie. Pochowany został w katedrze w Palermo. Na łożu śmierci polecił żonie i synowi, aby złożyli papieżowi hołd lenny z Sycylii, jak również księstw Ankony i Rawenny, a ponadto zwrócili mu posiadłości odebrane wcześniej przez Cesarstwo. Tymi ustępstwami mieli pozyskać przychylność Kościoła dla sprawy dziedziczenia tronu zarówno w Palermo, jak i w Niemczech. Historia pamięta Henryka jako władcę dalekowzrocznego, utalentowanego i zdecydowanego, który był bliski budowy silnej monarchii ogólnoniemieckiej, zjednoczenia Włoch i narzucenia dominacji cesarskiej pozostałym władcom chrześcijańskim.
Małżeństwa i potomstwo Żoną Henryka VI była Konstancja Sycylijska, córka króla Sycylii Rogera II. Ze związku tego pochodził Fryderyk II Hohenstauf.
Genealogia
Fryderyk IIHohenstaufur. ok. 1090zm. 4 lub 6 IV 1147 JudytaWelf 1)ur. ok. 1100zm. 22 II po 1130 Rajmund IIIur. ok. 1093zm. 22 I 1148 Agataur. 1115zm. 1147 Fryderyk IBarbarossaur. ok. 1122zm. 10 VI 1190 Beatrycze Iur. 1145zm. 15 XI 1184