Na bazarach odbywał się ożywiony handel zbożem, wyrobami garncarskimi i jubilerskimi, miedzianymi naczyniami zdobionymi tzw. „czekanką” oraz przede wszystkim jedwabiem. To dzięki temu produktowi miasto zyskało sławę. Stąd kupcy z Europy, Azji i Bliskiego Wschodu wywozili tutejszy haftowany złotem jedwab. W XV–XVII w. ziemie terenu Szeki przechodziły na zmianę z rąk perskich w tureckie. Pod panowaniem chana Hadżiego Czalabiego (1743–1755) chanat szekijski stał się pierwszym niezależnym chanatem na terenie dzisiejszego Azerbejdżanu. W 1772 r. miasto nawiedziła potężna powódź, w wyniku której mieszkańcy Szeki musieli się przenieść na nieco wyższe tereny, czyli do obecnej lokalizacji. Od XVIII wieku w mieście działało aż 5 karawanserajów (isfahański, tebriski, lezgiński, ormiański i nowy) jednak do dziś przetrwały tylko dwa (obecnie zwane górny i dolny).

W roku 1805 rozpoczęła się rosyjska okupacja Szeki. Po śmierci ostatniego chana w 1819 r., chanat został zlikwidowany, a jego tereny włączone w skład Imperium Rosyjskiego. Rosjanie nadali miastu nową nazwę Nucha, która funkcjonowała w latach 1840–1968. W połowie XIX wieku w mieście przebywał młody Lew Tołstoj w trakcie swojej służby wojskowej, co zaowocowało w późniejszym czasie napisaniem utworu „Jeniec kaukaski”.