Większość opadów ma miejsce latem, często są to ulewy.
Bogata w glinę czerwona ziemia występuje w Pampa del Leoncito (Reserva Natural Estricta El Leoncito) oraz Valle de la Luna (Ischigualasto), ta formacja geologiczna liczy sobie 200 milionów lat. Na tych obszarach występuje cieplejszy wiatr.
Rzeki Jáchal i San Juan rivers, obydwie należące do dorzecza rzeki Desaguadero, zasilają żyzne doliny, w których koncentruje się gospodarka prowincji. Rzeka San Juan kończy swój bieg w lagunach Huanacache (czasami nazywanych Guanacache), na południowym wschodzie.
Gospodarka Najważniejszą uprawą tej tradycyjnie rolniczej prowincji jest winorośl, na którą przeznacza się tu powierzchnię 500 km² (56% powierzchni gruntów ornych), 90% upraw stanowią odmiany późne. San Juan do drugi w Argentynie producent wina (po prowincji Mendoza. Inne uprawy to pomidory, kukurydza, ziemniaki, figi, brzoskwinie i wiele innych.
Inną ważną gałęzią gospodarki jest górnictwo. Eksploatuje się tu różne surowce, od złota i ołowiu po grafit i glinę.