Wieczorem w dniu prawyborów, podczas politycznego mityngu, Dean zachował się dosyć niefortunnie, krzycząc entuzjastycznie do mikrofonu. Ten "krzyk Deana" (the Dean Scream) został następnie nagłośniony przez media, i incydent ten praktycznie zamknął jego szanse na zdobycie nominacji. W kolejnych prawyborach w stanie New Hampshire Dean zdobył drugie miejsce. Pierwsze zdobył John Kerry, stając się faworytem do wygrania prawyborów. W trzecich prawyborach w stanie Wisconsin 17 lutego, 2004 Dean był trzeci. Następnego dnia ogłosił koniec swojej kampanii wyborczej, choć nie wycofał swojego nazwiska i nadal zachęcał swoich zwolenników, by głosowali na niego, tak by ich głos liczył się podczas konwencji mającej wybrać kandydata. Następnie zupełnie niespodziewanie wygrał jeszcze prawybory w swoim rodzinnym stanie Vermont.
Jego kampania, choć zakończyła się porażką, miała znaczący wpływ na Partię Demokratyczną i umocniła jej pozycję, pozwalając jej wystawić silnego kandydata do wyborów prezydenckich, podczas gdy przed pojawieniem się Deana zapowiadało się, że popularny wtedy jako autor inwazji Iraku George W. Bush ubiegający się o ponowny wybór wygra z łatwością.