W obrębie obniżenia położonych jest dziewięć czynnych źródeł wód mineralnych wśród nich są źródła : "Jędrzej Śniadecki","Leon Marchlewski", "Stanisław Moniuszko", "Górne" i "Gazowe".
Budowa Dolina powstała w skałach osadowych stoliwa dolnego poziomu wyniesienia, zbudowanego z nieprzepuszczalnych górno kredowych margli. Obniżenie Kudowy wypełniają górnokredowe margle ilaste i krzemionkowe z wsadami wapieni i czerwonego granitu. Utwory te powstały z osadów istniejącego tu w okresie kredowym płytkiego morza. W znacznie mniejszej, śladowej ilości, w okolicach Kudowy, występują najstarsze prekambryjskie łupki łyszczykowe, granity, oraz piaskowce, łupki ilaste i zlepieńce karbońskie.
Topografia Obniżenie usytuowana jest na linii północny zachód, południowy wschód. Jest to tzw. kierunek sudecki, typowy dla większości pasm w Sudetach, uwarunkowany specyficznymi procesami geologicznymi, a szczególnie tektonicznymi. Prawie cały główny masyw Gór Stołowych położony jest w obrębie Śródsudeckiej strefy ścinania.