Porażka z rąk sił cesarskich Siły cesarskie niebawem skonsolidowały władzę nad głównymi wyspami Japonii i w kwietniu 1869 roku wysłały flotę oraz 7000 piechoty na Hokkaido. Odniosły zwycięstwo w bitwie o Hakodate i fortecę Goryōkaku. Enomoto poddał się 26 czerwca, oddając dzień później zarząd nad Goryōkaku Kiyotace Kurodzie, oficerowi z Satsumy. Kuroda miał być niezwykle poruszonym zaangażowaniem Enomoto i zdecydował się oszczędzić jego życie. 20 września wyspie nadano nazwę . Był to ostatni akt wojny boshin.
Analiza thumb|200px|left|Bitwa morska w zatoce Hakodate, maj 1869; z przodu "Kasuga" oraz "Kōtetsu" pod banderą cesarskiej marynarki wojennej thumb|200px|left|Francuscy doradcy wojskowi oraz ich japońscy sojusznicy. Przedni rząd: drugi od lewej Jules Brunet, obok Tarō Matsudaira, wiceprezydent republiki