W 1948 wojna domowa w Grecji wywołała konflikty w zespole. Spowodowało to wycofanie się wielu członków i atletów z APOEL-u, utworzyli własny klub AC Omonia. Nowo utworzony zespół miał stać się głównym wrogiem APOEL-u, czego wyrazem są trwające po dziś animozje między fanami obu zespołów.

W 1963 klub zadebiutował w Lekkoatletycznym Pucharze Europy rywalizując z norweskim Goevic Lin. Dwa zwycięstwa APOEL-u (6-0, 1-0) oznaczały bardzo pomyślny debiut, ponieważ jako pierwszy grecki zespół zdołali awansować dalej w tych elitarnych rozgrywkach.

W 1973 „Pomarańczowi” zdobyli kolejny tytuł mistrza kraju, dzięki czemu mogli grać kolejny rok w lidze greckiej i byli pierwszym cypryjskim zespołem, który po roku gry nie został zdegradowany.

"Legendarni” w 1973 zdobyli swoje pierwsze trofeum w koszykówce, puchar kraju, a w trzy lata później pierwsze mistrzostwo. Równie dobrze radziła sobie drużyna siatkówki, która w latach 1979–1985 zdobyła sześć tytułów mistrza kraju i pięć pucharów kraju.

W sezonie 2013/2014 sekcja futsalu APOEL-u Nikozja pierwszy raz zdobyła Mistrzostwo Cypru i Puchar Cypru.

W sezonie 2011/2012 jako pierwsza cypryjska drużyna wywalczyła awans do ćwierćfinału piłkarskiej Ligi Mistrzów UEFA.