Po zwolnieniu wyjechał do Samarkandy, gdzie do jesieni 1944 pracował jako bibliotekarz Samarkandzkiego Muzeum Okręgowego i bibliograf w Bibliotece im. A. Puszkina. Swoje przeżycia z tego okresu opisał m.in. w książce Sedan (1948). Do Polski wrócił w grudniu 1945 i początkowo zamieszkał w Łodzi, w 1949 przeniósł się na stałe do Warszawy, gdzie kontynuował pracę twórczą i pracował jako redaktor.

Od roku 1945 był człon­kiem re­dak­cji ty­go­dni­ka „Kuźnica”, wstąpił też do PPR (od 1948 PZPR). Z cza­sem zajął sta­no­wi­sko opo­zy­cyj­ne wo­bec par­tii, a w 1957 wystąpił z niej. W marcu 1964 był sygnatariuszem Listu 34 w obronie wolności słowa. W 1969 został członkiem zarządu Polskiego PEN Clubu. W latach 1975–1978 był wiceprezesem, a od grudnia 1980 członkiem zarządu Związku Literatów Polskich. Na chrzest zdecydował się w wieku 60 lat. Należał do Rady Duszpasterstwa Środowisk Twórczych oraz Rady do Spraw Stosunków Polsko-Żydowskich przy prezydencie RP (1991–1995). Był członkiem korespondentem Institut für die Wissenschaften vom Menschen w Wiedniu.

Na Pawle Hertzu Czesław Miłosz wzorował postać Piotra Kwinto w swojej powieści Zdobycie władzy (1955)Czesław Miłosz, Renata Gorczyńska, Podróżny świata, Kraków, Wydawnictwo Literackie, 2002 s.