Istnieją też hipotezy – nieznajdujące jednak powszechnego poparcia – wydzielające spośród języków nigero-kongijskich zarówno języki kordofańskie, jak i języki mande.
Jedna z popularniejszych alternatywnych klasyfikacji dzieli języki nigero-kongijskie na trzy podgrupy: języki atlantycko-kongijskie języki mande języki kordofańskie
Niektórzy językoznawcy wskazują na pewne typologiczne podobieństwa języków nigero-kongijskich z nilo-saharyjskimi (szczególnie podgrupą środkowosudańską), łącząc te dwie rodziny we wspólną fylę kongo-saharyjską lub nigero-saharyjską. Hipoteza ta nie jest jednak ogólnie akceptowana.
Ważniejsze języki grupy nigero-kongijskiej Poniżej podano uproszczoną klasyfikację języków nigero-kongijskich w zmodyfikowanej wersji Josepha Greenberga. Niektórzy językoznawcy nie zgadzają się z poniższym podziałem, proponując wydzielenie grupy atlantycko-kongijskiej i własny podział w jej obrębie – przedstawiono go w haśle języki atlantycko-kongijskie.