W 1644 r. po fałszywej informacji o śmierci Adama Kazanowskiego oblegał i podbił jego posiadłość w Rumnie, za co został skazany na wygnanie. Po przedstawieniu mocnych dowodów do Rumna, otrzymał wsparcie od sejmików i później od Sejmu i króla. W styczniu 1646 r. nad Merlem, prowadząc do boju 4 tys. żołnierzy, pobił ordę wracającą z Moskwy z wziętą w jasyr ludnością. 4 kwietnia 1646 r. został wojewodą ruskim, po Jakubie Sobieskim, który zwolnił ten urząd, gdy został kasztelanem krakowskim po zmarłym 11 marca 1646 Stanisławie Koniecpolskim.
Był elektorem Jana II Kazimierza w 1648 roku z województwa ruskiego, podpisał jego pacta conventaPorządek na seymie walnym elekcyey między Warszawą a Wolą przez opisane artykuły do samego aktu elekcyey należące, vchwalony y postanowiony roku Pańskiego M.DC.XLVIII, dnia VI października, s. 20..
Odegrał znaczącą rolę w tłumieniu powstania Chmielnickiego (1648–1651) (m.in. bitwa pod Konstantynowem). Jako jeden z ostatnich wycofał się spod Piławiec (1648) do Lwowa. We Lwowie wojsko wymogło na nim przyjęcie funkcji regimentarza. W październiku 1648 sejm oficjalnie zatwierdził jego nominację na regimentarza wielkiego koronnego. Jednak 9 lutego 1649 podczas sejmu koronacyjnego w Krakowie król Jan Kazimierz odebrał Wiśniowieckiemu buławę regimentarską zatrzymując ją dla siebie.