W 2001 roku przeprowadzono modernizację tego pojazdu. Zastosowano silnik MAN D0836 LUH02 spełniający normę czystości spalin Euro-3, zmniejszono wysokość szyby czołowej, wydzielając tym samym miejsce na wyświetlacz informacyjny, zastosowano układ hamulcowy z tarczami na wszystkich osiach, zlikwidowano podesty w przedniej części pojazdu oraz przeniesiono zbiornik paliwa na prawe przednie nadkole. Od tego momentu pojawiła się możliwość zastosowania reflektorów projektorowych oraz dzielonej szyby czołowej.
W 2003 roku zaprezentowano wersję tego autobusu zasilaną gazem CNG. Model ten uzyskał oznaczenie Jelcz M125M/4 CNG i był eksploatowany w MPK Rzeszów. 2022 roku dwa z nich zostały przekazane do Czernihowa, zaś ostatni egzemplarz wyjechał na ulice Rzeszowa 30 marca 2024 roku.
Ostatnie egzemplarze modelu M125M zostały zbudowane w 2006 roku. Oficjalne zakończenie produkcji nastąpiło w październiku 2008 roku.
Łącznie wyprodukowano zaledwie 71 egzemplarzy: 1998 - 5 sztuk 1999 - 8 sztuk 2000 - 4 sztuki 2001 - 1 sztuka 2002 - 1 sztuka 2003 - 11 sztuk 2004 - 14 sztuk 2005 - 7 sztuk 2006 - 20 sztuk
W 1999 model zdobył nagrodę "Złote Koła Komunikacji Miejskiej", którą przyznali organizatorzy III Wystawy Komunikacji Miejskiej w ŁodziAutobus z klasą!, w: Z Życia MPK Poznań, nr 4(610)/1999, s.