Rok później, w grudniu zakupiono osiem sztuk nowych przegubowych autobusów marki Solaris Urbino 18 (nieco wcześniej tabor MPK wzbogacił się także o 11 używanych pojazdów marki Volvo).
1 kwietnia 2007 roku po raz drugi w historii komunikacji miejskiej w Olsztynie uruchomioną drugą linię nocną (101). Dwa miesiące później zlikwidowano starą pętlę w Kortowie, na której przez wiele lat kursy kończyły autobusy linii nr 15. W tym samym czasie doszło do otwarcia nowej pętli w Starym Dworze. 1 września 2007 roku zlikwidowano linię nr 19, a miesiąc później uruchomiono linię nr 32.
1 stycznia 2011 roku po raz pierwszy na olsztyńskiej ziemi powstał Zarząd Komunikacji Miejskiej w Olsztynie. Dzięki temu rozdzielono funkcje transportowe od tych związanych z organizacją przewozów. Po tej dacie MPK Olsztyn jest jedynie miejskim przewoźnikiem, a ZKM zajmuje się ustalaniem rozkładów, tras linii komunikacyjnych, przydziałów na dane linie, czy rodzaju autobusów je obsługujących. Zarząd ma również możliwość wyłaniania nowych przewoźników w drodze przetargu na obsługę danych linii.
1 lipca 2013 roku Zarząd Komunikacji Miejskiej, Miejski Zarząd Dróg i Mostów i Zarząd Zieleni Miejskiej zostały połączone w Zarząd Dróg, Zieleni i Transportu w Olsztynie (ZDZiT Olsztyn).