We wrześniu 1961 roku osiadł w klasztorze franciszkańskim przy kościele św. Pawła Apostoła w Elblągu. Był to bardzo pracowity okres w jego życiu. Jego pozostałe wizje dotyczyły między innymi wojny w Europie i śmierci papieża Jana Pawła IKrzysztof Kamiński, Ojciec Klimuszko – życie i legenda, wyd. Agencja Dziennikarska Reporte, 2008. [dostęp 2017-11-18].
22 sierpnia 1980 został przywieziony do szpitala garnizonowego w Elblągu. Ojciec Klimuszko zmarł 25 sierpnia 1980 roku w Elblągu. W przyczynie zgonu stwierdzono przewlekłe zapalenie oskrzeli. Pochowany został na elbląskim cmentarzu Dębica. W 2002 roku jego szczątki przeniesiono do grobowca obok kościoła św. Pawła Apostoła.
W 2004 radni Elbląga pośmiertnie przyznali mu honorowe obywatelstwo miasta Elbląga. Od 2012 r. w południowo-wschodniej części miasta Prabuty budowane jest osiedle upamiętniające ojca Czesława Klimuszko.
Znaczenie drzew Klimuszko studiował oddziaływanie drzew na ludzi. Pod tym względem podzielił ich gatunki na trzy grupy: wpływające korzystnie (modrzew, sosna, świerk, jodła, jałowiec, cis, brzoza, lipa, dąb, kasztanowiec, klon, morwa, akacja) obojętne wpływające niekorzystnie (berberys, osika, topola, olsza, dziki bez).