Kariera reprezentacyjna Ruggeri zadebiutował w reprezentacji Argentyny 1 września 1984 w spotkaniu przeciwko Szwajcarii (0:2).
Uczestnik trzech mundiali. Na turnieju w 1986 roku Argentyna zdobyła złoty medal, a zawodnik rozegrał wszystkie siedem spotkań w pełnym wymiarze czasowym i zdobył jednego gola w grupowym spotkaniu z Koreą Południową (3:1). Cztery lata później, w 1990 roku doznał kontuzji kolana w otwierającym spotkaniu z Kamerunem (0:1), która wykluczyła go z udziału dwóch kolejnych spotkań. Do gry wrócił na spotkanie z Brazylią w 1/8 finału, rozgrywając w pełnym wymiarze czasowym późniejsze spotkania: w ćwierćfinale spotkanie przeciwko Jugosławii oraz półfinałowe z Włochami. W finałowym spotkaniu przeciwko RFN (0:1), odnowiła się kontuzja kolana przez co został zmieniony po pierwszej połowie gry.
Na swoim trzecim mundialu Ruggeri rozegrał cztery spotkania, pełniąc funkcję kapitana drużyny po wykluczeniu z turnieju Diego Maradony.