po raz pierwszy odbył się tam festiwal Aoi (Aoi Matsuri).
Kioto nie było jednak pierwszą stolicą Japonii. Stało się nią dopiero w 794 r., gdy cesarz Kammu przeniósł stolicę do Heian-kyō, które obecnie leży na terenie miasta Kioto. Niektóre z ulic, domów, sklepów, świątyń i chramów stoją na tych samych miejscach, co przed setkami lat.
Jednakże w 1192 r. życie polityczne zostało przeniesione do Kamakury, gdzie sioguni ustanowili władzę siogunatu, Kioto pozostawało stolicą bezsilnego cesarza i jego dworu. Władza cesarska została wzmocniona w 1333 r., lecz w trzy lata później został ustanowiony nowy siogunat w Kioto. thumb|Chram Yasaka, w dzielnicy Gion, w Kioto
W 1467 r. wybuchła w Kioto wojna Ōnin i większość miasta spłonęła. Japonia pogrążyła się na długie lata w wojnach między władcami feudalnymi. Dopiero Ieyasu Tokugawa zjednoczył kraj i ustanowił nowy siogunat w Edo (obecnie Tokio) w 1603 roku.
Restauracja Meiji przywróciła władzę cesarzowi dopiero w 1868 roku. Cesarz Meiji, który był od tego czasu absolutnym suwerenem, przeniósł dwór do Tokio w następnym roku. Od tego czasu stolicą jest Tokio.