Podczas wojny z Vietcongiem ograniczał prawa obywatelskie.
Wszedł w konflikt ze stanowiącymi większość mieszkańców kraju buddystami, czego źródłem był jego fanatyczny katolicyzm. Ngô zabronił między innymi wywieszania tradycyjnych flag buddyjskichZachary Abuza, Renovating politics in contemporary Vietnam, Lynne Rienner Publishers, Boulder 2001, s. 191., przy jednoczesnym nakazie wywieszenia w całym kraju biało-żółtych flag papieskich z okazji ogłoszonego świętem państwowym 25-lecia święceń kapłańskich prezydenckiego brataBeverly Deepe Keever, Death Zones and Darling Spies. Seven Years of Vietnam War Reporting, University of Nebraska Press, Lincoln 2013, s. 94.. W 1959 ku powszechnemu oburzeniu rząd uroczyście oddał kraj w opiekę Matce BożejSeth Jacobs, Cold War Mandarin. Ngo Dinh Diem And the Origins of America's War in Vietnam, 1950–1963, Rowman & Littlefield, Lanham 2006, s. 91.. Represje wobec buddystów, a przede wszystkim prowadzenie niezależnej polityki wobec USA, stało się bezpośrednią przyczyną śmierci Ngô, i miało miejsce w czasie przewrotu politycznego zorganizowanego przez CIA. Początkowo Waszyngton usiłował wywrzeć presję na dyktatora, aby ten złagodził politykę. W odpowiedzi Ngô zagroził, że usunie amerykańskich doradców wojskowych.