Filip II był oczarowany 14-letnią panną młodą i oddalił z dworu swoje metresy, a Elżbieta, mimo różnicy wieku, również była zadowolona z męża. W listach do matki pisała, że uważa się za szczęściarę, bo poślubiła takiego czarującego monarchy. Filip II, aby zabawić żonę, organizował turnieje. Sofonisba Anguissola, pierwsza włoska kobieta artystka, była damą dworu Elżbiety w latach 1559–1569 i namalowała wiele portretów królowej. Elżbieta otoczyła opieką trzech młodych książąt, zamieszkujących hiszpański dwór; Don Karola, Don Jana (nieślubnego syna Karola V), i Aleksandra Farnese (księcia Parmy, wnuka Karola V poprzez jego nieślubną córkę Małgorzatę). Elżbieta i jej niedoszły małżonek Don Karol pozostawali w ciepłych i przyjacielskich relacjach. Mimo często swoich dziwnych zachowań, Don Karol zawsze był miły dla Elżbiety, a kiedy Filip II rozkazał go aresztować (co doprowadziło do śmierci księcia), Elżbieta płakała przez kilka dni.