Po pakcie Ribbentrop-Mołotow 23 sierpnia 1939 kwestia odbudowy polskiej partii komunistycznej uznana została w Moskwie za nieaktualną. Tymczasowy Ośrodek został rozbity po delegalizacji KP Francji we wrześniu 1939 i aresztowaniu większości działaczy przez policję francuską. Mołojec przedostał się wówczas do Moskwy, gdzie w rozmowie z Zofią Dzierżyńską dowiedział się, że Komintern uznaje sprawę odtworzenia partii komunistycznej w Polsce za nieaktualnąMarian Malinowski, Geneza PPR, Książka i Wiedza, 1972, s. 54–69.. W Moskwie Mołojec pisał memoriały do Kominternu wskazujące na konieczność szybkiej odbudowy partii komunistycznej w okupowanej Polsce. („Sprawa polska wiele straciła z powodu tego opóźnienia (…) w tej strasznej sytuacji komuniści i ich partia muszą dzielić los swojego narodu. Inaczej zostaną oskarżeni o to, że nie było ich w tym trudnym czasie. (…) Będzie to ogromna szansa dla ruchu komunistycznego, dla partii, aby ona stanęła na czele walki o niepodległość i nadała jej kierunek i charakter odpowiadający potrzebom wyzwolenia mas pracujących (…)”Ryszard Nazarewicz, Armii Ludowej dylematy i dramaty, Warszawa 1998, , za: Rassijski Cientr Chranienia i Izuczenia Dokumientow Nowiejszej Istorii. T 495-125-43, sprawozdanie Bolesława Mołojca.).