W 1673, gdy Marianna dowiedziała się o śmierci swojej jedynej, ukochanej córki, cesarzowej Niemiec Małgorzaty Teresy, była w wielkim szoku. Wycofała się z życia publicznego i osiadła się w Toledo. Już miała wrócić do Madrytu, lecz nastąpił tzw. Przewrót pałacowy. Władzę w Hiszpanii przejął wtedy Juan Josè de Austria, nieślubny syn Filipa IV i brat przyrodni Karola II. Po jego śmierci, który nastąpił w 1679, Marianna wróciła do Madrytu i ponownie zdobyła władzę.
W 1668 misjonarz jezuita San Vitores na cześć królowej nazwał Marianami wyspy na północnym Pacyfiku.
Kiedy jej syn Karol doszedł do pełnoletniości, ministrowie natychmiast odebrali jej władzę. Zaczęto też szukać małżonki dla króla. Królowa matka chciała aby narzeczoną została Niemka, a mianowicie Habsburżanka, jednak postąpiono dokładnie przeciwnie i wybrano Francuzkę, Marię Ludwikę Orleańską. Ich ślub odbył się w 19 listopada 1679.