Wśród zwierząt spotykanych w jaskiniach można wyróżnić: stygobionty (troglobionty) – organizmy występujące tylko w jaskiniach i wodach podziemnych, gatunki zamieszkujące te ostatnie określa się niekiedy osobnym mianem stygobiontów, przykładami są np. studniczek (Niphargus) czy odmieniec jaskiniowy; stygofile (troglofile) – występujące w jaskiniach i w zbliżonych warunkach siedliskowych (w glebie, pod kamieniami itp.), przykładami są np. pająk sieciarz jaskiniowy (Meta menardi) czy skoczogonek Plutomurus ortobalaganensis; stygokseny (troglokseny) – wykorzystujące jaskinie tylko czasowo jako ochronę przed wpływem warunkach atmosferycznych, określonej porze doby czy roku, przykładami są np. nietoperze, chruścik Stenophylax permistus czy ćma szczerbówka ksieni (Scoliopteryx libatrix); tychotroglobionty – takie, które dostają się do jaskini przypadkowo (np. lis czy chrząszcze z rodziny biegaczowatych), często grupę tę łączy się z trogloksenami.
Namuliska jaskiń mogą dostarczać informacji o wymarłych gatunkach zwierząt.