Dzieła niesłusznie przypisywane Mariusz Karpowicz, wychodząc z założenia że Fontana był wszechstronnym architektem, rzeźbiarzem i rysownikiem, przypisał mu projekty licznych prac kamieniarskich (epitafia Jana Morsztyna w kościele Reformatów w Krakowie i Jana Jerzego Hoffmanna w kościele w Konicy), snycerskich (obramienia kilku portretów biskupich w klasztorze Franciszkanów w Krakowie), a nawet dekarskich (hełmy wież kościoła św. Anny i wyższej wieży katedralnej). Uważał też, że miał on udział w projektowaniu architektury tego kościoła. Żadna z tych atrybucji nie została przekonująco uzasadniona, a wiele ze wspomnianych dzieł powstało w czasie gdy artysta przebywał w innym kraju lub nawet po długo po jego śmierci, dlatego wszystkie te atrybucje należy odrzucić jako bezpodstawne. Niewiarygodne są również próby przypisania Fontanie prac w jego rodzinnych stronach, albo związania z nim dekoracji w rejonie Hohenaschau.

Przypisy