W 1621 roku został mianowany marszałkiem wielkim litewskim. W tym też czasie zaprzyjaźnił się z królewiczem Władysławem. Wypowiadał się za zwiększeniem wysiłków w zajęciu przez Władysława tronu moskiewskiego, prewencyjnej likwidacji chanatu krymskiego oraz jak najszybszemu rozwiązaniu problemu szwedzkiego na drodze pokojowej, przez ustępstwa terytorialne w Inflantach i rezygnację Zygmunta III Wazy z tytułu króla szwedzkiego.
W latach 1611–1625 co najmniej sześciokrotnie posłował na sejm.
Brał udział w wojnie ze Szwecją od roku 1625. Nie posiadając talentów wojskowych dał się zaskoczyć armii szwedzkiej pod Walmojzą, gdzie jego korpus został całkowicie rozbity. Zebrawszy resztki wojsk zaczął współdziałać z hetmanem polnym Krzysztofem Radziwiłłem, rozpoczynając działania zaczepne. Ze względu na nadciągające większe siły szwedzkie byli jednak zmuszeni się wycofać. W czerwcu 1626 roku dowództwo nad wojskiem litewskim powierzono Aleksandrowi Gosiewskiemu, a Jan Stanisław udał się ze swoim pocztem do Prus, gdzie przebywał Zygmunt III. mały|lewo|Druga żona Gryzelda z Wodyńskich Począwszy od roku 1627 zaczął podupadać na zdrowiu, zapadając na nie do końca rozpoznaną chorobę psychiczną.