W 1683 w Jakobstadt urodziła się Marta Skowrońska, przyszła żona cara Piotra I i caryca Rosji Katarzyna I. W 1721 całe miasto przeszło pod władzę rosyjską.
W 1918 r. Jēkabpils i Krustpils znalazł się na terytorium niepodległej Republiki Łotewskiej, której niezależność ogłosiła w listopadzie 1918 r. Łotewska Rada LudowaT. Paluszyński, Walka o niepodległość Łotwy 1914-1921, Bellona, Warszawa 1999, s. 114.. Niecały miesiąc później, 11 grudnia 1918 r., oba miasta zostały zajęte przez Armię Czerwoną - 29 listopada Rosja Radziecka rozpoczęła ofensywę, której celem było zajęcie ziem łotewskich i stworzenie Łotwy komunistycznejT. Paluszyński, Walka o niepodległość Łotwy 1914-1921, Bellona, Warszawa 1999, s. 134-135.. Jēkabpils i Krustpils pozostawały pod kontrolą Łotewskiej SRR do początku czerwca roku następnego. 4 czerwca zostały opanowane przez wojska estońskie, wspierające rząd łotewskiT. Paluszyński, Walka o niepodległość Łotwy 1914-1921, Bellona, Warszawa 1999, s. 193.. Po zakończeniu wojny o niepodległość Łotwy Jēkabpils jeden z ważnych ośrodków suwerennej republiki. W 1962 Krustpilis i Jēkabpils połączyły się, tworząc jedno miasto.
W latach 2009-2021 był siedzibą ówczesnego novadsu Jēkabpils.